Annuaire des scientifiques
L’Annuaire de Naïades est disponible !
Pour l’intégrer, répondez au questionnaire en cliquant sur le bouton ci-dessous.
Hélène Agogué
Écologue microbien des écosystèmes aquatiques
Chargée de recherche à l’Université de La Rochelle/CNRS
Laboratoire LIENSS
helene.agogue@univ-lr.fr
Mon activité de recherche concerne l’étude des procaryotes dans les écosystèmes aquatiques. Outre les communautés bactériennes, j’étudie les communautés archéennes. Ma recherche se subdivise en deux axes, en cohérence avec les axes de recherche de l’équipe BIOFEEL du LIENSs de la Rochelle (Dynamique fonctionnelle des écosystèmes littoraux et Enjeux environnementaux et sociétaux des écosystèmes littoraux). Le premier axe de ma recherche vise à étudier et à caractériser la diversité fonctionnelle des procaryotes et de leurs interactions dans différents écosystèmes littoraux en milieu tempéré : l’estuaire de la Charente, les marais littoraux, les lagunes, les vasières intertidales, la station SOMLIT Antioche …mais également dans d’autres écosystèmes tropicaux. Pour mener à bien ces travaux, je combine des approches d’observation et d’échantillonnage sur le terrain (suivi temporel et spatial) et des approches en laboratoire (utilisation de mésocosmes). Mon deuxième axe de recherche concerne la compréhension des enjeux environnementaux et sociétaux dans les écosystèmes littoraux au prisme de l’étude de la biodiversité microbienne. Ainsi, je participe à des réflexions interdisciplinaires au sein notamment du laboratoire LIENSs et apporte des informations concernant les fonctions naturelles (biodiversité, fonctionnement biogéochimique et fonctions écosystémiques) de ce compartiment microbien invisible mais pourtant primordial au fonctionnement des écosystèmes littoraux et et à la préservation de leur biodiversité.
Spatiotemporal variations in microbial diversity across the three domains of life in a tropical thalassohaline lake
(Dziani Dzaha, Mayotte Island)
Mylène Hugoni , Arthur Escalas , Cécile Bernard , Sébastien Nicolas , Didier Jezequel , Fanny Vazzoler , Gérard Sarazin , Christophe Leboulanger , Marc Bouvy , Patrice Got , Magali Ader , Marc Troussellier , Hélène Agogué
Molecular Ecology, 2018, 27 (23), pp.4775-4786. ⟨10.1111/mec.14901⟩
First evidence of the presence and activity of archaeal C3 group members in an Atlantic intertidal mudflat
Céline Lavergne , Mylène Hugoni , Christine Dupuy , Hélène Agogué
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.11790. ⟨10.1038/s41598-018-30222-1⟩
David Amouroux
Chimiste de l’environnement
Directeur de recherche CNRS
Laboratoire IPREM
david.amouroux@univ-pau.fr
Je suis Directeur de Recherche au CNRS, nommé à l’Institut des Sciences Analytiques et Physico-Chimie de l’Environnement et des Matériaux (IPREM, CNRS – E2S/UPPA) et je dirige l’Unité IPREM de Chimie et Microbiologie de l’Environnement. Je suis un chimiste de l’environnement particulièrement intéressé par le cycle et la réactivité du mercure, du sélénium et des éléments traces dans les milieux aquatiques. J’utilise des approches de spéciation et d’isotopes stables pour étudier les mécanismes biogéochimiques. Je suis membre du comité de pilotage du Réseau NAIADES de la Région Nouvelle-Aquitaine, du Conseil Scientfique du GDR OMER (Océans et Mers) du CNRS et du comité scientifique du groupe « Eaux Continentales » de l’Alliance ALLENVI.
D. Amouroux, F. Séby, M. Monperrus, F. Pannier, C. Mendiguchia, C. Benoit-Bonnemason, O.F.X. Donard ; Chemical Species. In: Chemical Marine Monitoring – Policy framework and analytical trends. Water quality measurements. P. Quevauviller, P. Roose and G. Vereet (eds.), John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 2011, pp. 101-160.
A. Borja, D. Amouroux, P. Anschutz, M. Gómez-Gesteira, M.C. Uyarra, L. Valdés ; Chapter 6: The Bay of Biscay. In: World Seas: An Environmental Evaluation (Volume I: Europe, The Americas and West Africa), C. Sheppard (Editor). 2017 Elsevier Science Ltd., pp. 113-152, DOI: 10.1016/B978-0-12-805068-2.00006-1.
Isabelle Arzul
Parasitologiste, pathologiste des invertébrés marins
Chargée de recherche à l’FREMER
Unité ASIM
isabelle.arzul@ifremer.fr
Mes activités de recherche portent sur les parasites protozoaires des bivalves marins, plus particulièrement sur leur diversité, leur distribution dans l’écosystème et leurs interactions avec leur(s) hôtes bivalves. Depuis plus de 15 ans, mes activités s’inscrivent aussi dans les missions du laboratoire de référence de l’Union Européenne pour les maladies des mollusques marins (https://www.eurl-mollusc.eu/). Dans ce contexte nous développons des outils et approches pour mieux détecter et surveiller les micro organismes pathogènes des bivalves marins et comprendre leur émergence dans un contexte de changement global. Nos projets se déploient de l’échelle locale à l’échelle internationale.
De 2016 à 2020 j’ai coordonné le projet européen VIVALDI qui réunissait 21 partenaires européens pour développer des travaux de recherche et développement pour prévenir et diminuer l’impact des maladies des bivalves marins (https://www.vivaldi-project.eu/fr). Dans ce cadre nous avons co construit avec les producteurs et autorités compétentes un manuel de mesures de gestion et de biosécurité (https://archimer.ifremer.fr/doc/00812/92369/).
Depuis début 2022 je suis responsable de l’unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins), une unité de recherche rassemblant des compétences autour de la génétique, la pathologie et la physiologie des Invertébrés Marins, en particulier des bivalves marins (https://asim.ifremer.fr/).
Anthony Beaudoin
Numéricien en Hydrogéologie
Maître de Conférences à l’Université de Poitiers
Laboratoire PPrime
anthony.beaudoin@univ-poitiers.fr
Beaudoin, A. (2022). Study of the impact of the Îlot Tison weir on bedload transport of the Clain River (Poitiers, France) using BASEMENT software. River Research and Applications, 38(9), 1555-1568.
Beaudoin, A., & Farhat, M. (2021). Impact of the fracture contact area on macro-dispersion in single rough fractures. Comptes Rendus. Mécanique, 349(2), 203-224.
Abdellah Benabdelmouna
Cytogénéticien
Chargé de recherche à l’FREMER
Unité ASIM
abenabde@ifremer.fr
Cytogénéticien spécialisé dans :
– l’étude de l’organisation des génomes et l’amélioration des mollusques bivalves par les modifications qualitatives et quantitatives de leur ploïdie ,
– la caractérisation des effets générationnels et trans-générationnels affectant les génomes des mollusques bivalves en interaction avec leur exposome
Benabdelmouna Abdellah, Saunier Alice, Ledu Christophe, Travers Marie-Agnes, Morga Benjamin (2018). Genomic abnormalities affecting mussels (Mytilus edulis-galloprovincialis) in France are related to ongoing neoplastic processes, evidenced by dual flow cytometry and cell monolayer analyses . Journal Of Invertebrate Pathology , 157, 45-52 . Publisher’s official version : https://doi.org/10.1016/j.jip.2018.08.003 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00455/56623/
Benabdelmouna Abdellah, Ledu Christophe (2016). The mass mortality of blue mussels (Mytilus spp) from the Atlantic coast of France is associated with heavy genomic abnormalities as evidenced by flow cytometry . Journal Of Invertebrate Pathology , 138, 30-38 . Publisher’s official version : https://doi.org/10.1016/j.jip.2016.06.001 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00341/45171/
Kévin Caillaud
Sociologue
Chargé de recherche à l’INRAE
Laboratoire ETTIS
kevin.caillaud@inrae.fr
Page professionnelle
Les travaux de Kevin Caillaud portent sur les questions de gouvernance et de territorialisation de l’action publique, de mutation des services publics et de changement des pratiques sociales et professionnelles, dans le domaine environnemental et la gestion des infrastructures (eau et déchets notamment).
Damien Calluaud
Hydrodynamique des écoulements environnementaux
Professeur à l’Université de Poitiers
Laboratoire PPrime
damien.calluaud@univ-poitiers.fr
Mes activités de recherche se sont partagées entre l’analyse d’écoulements instationnaires à surface libre, l’écohydraulique et l’étude du transport sédimentaire. Ces activités de recherche, à caractère fondamental ou liées à des collaborations industrielles ou de recherches, sont concentrées sur la compréhension de phénomènes physiques complexes présents au sein d’écoulements instationnaires, et ce, avec un même fil conducteur, l’utilisation et le développement de métrologies innovantes.
Ballu A., Calluaud D., Pineau G., David L. 2019. Experimental-based methodology to improve the design of Vertical Slot Fishways. Journal of Hydraulic Engineering. 145(9), 04019031.
Devaux Y., Thomas L., Calluaud D., Pineau G. 2021. Sediment bed destabilization by an isolated vortex: an experimental approach. Journal of Hydrodynamics. Volume 33, Issue 2, p.370-385
Jean-Michel Carozza
Hydrogéomorphologue
Professeur à l’Université de La Rochelle
Laboratoire LIENSS
jean-michel.carozza@univ-lr.fr
Diversité des milieux fluviaux en particulier des rivières ordinaires et à faible énergie ;
Restauration hydro-géomorphologique des cours d’eau ;
Transferts des macro-déchets et dynamique fluviale.
Marie-Noëlle de Casamajor
Biologiste marin
Chargée de recherche à l’IFREMER
Laboratoire LERAR
marie.noelle.de.casamajor@ifremer.fr
Page professionnelle
Les activités s’articulent autour de la surveillance, l’expertise et l’appui aux politiques publiques (DCE et DCSMM) dans le domaine de la mise au point de protocoles, d’indicateurs et la mise en œuvre de l’évaluation de la qualité du milieu marin. L’acquisition de ces connaissances permet de nourrir la recherche concernent la structure et le fonctionnement des communautés benthiques des habitats rocheux du sud du golfe de Gascogne à travers une meilleure connaissance des peuplements qui les composent mais aussi des pressions qui s’exercent sur le milieu, qu’elles soient d’origines naturelle ou anthropique.
de Casamajor M-N, Derrien-Courtel S, Lalanne Y, Maria Gorostiaga J, Le Gal A, Huguenin L, Quintano E, Lissardy M, 2019. Cystoseira baccata meadows along the French Basque coast (Bay of Biscay) as a reference for the implementation of the Water Framework and Marine Strategy EU directives. Continental Shelf Research , 182, 12-21
de Casamajor M.N., Mahias J., Castets V., Caill-Milly N., Bru N., Lissardy M. 2017. Tidal level influence on the spawning process of the sea urchin P. lividus on a rocky shore (Bay of Biscay). Reg. Studies in Mar. Sci., 9, 126-134.
Germain Chevignon
Génomicien
Chargé de recherche à l’FREMER
Unité ASIM
germain.chevignon@ifremer.fr
My research projects propose to use the latest advances in genome sequencing technologies and analysis pipelines to generate the data needed to understand the evolutionary processes underlying the plasticity of the genomes of infectious agents (viruses, bacteria and parasites) infecting marine invertebrate.
Evaluation of tangential flow filtration coupled to long-read sequencing for ostreid herpesvirus type 1 genome assembly
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000895
De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa Bonamia Ostreae
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2022.921136/full
Catherine Choquet
Mathématicienne des eaux souterraines
et des eaux de surface
Professeur à l’Université de La Rochelle
Laboratoire MIA
cchoquet@univ-lr.fr
Équations aux dérivées partielles. Modélisation, simulation. Phénomènes multi-échelles. Analyse asymptotique. Optimisation…
A game theory approach for the groundwater pollution control, (with E. Augeraud-Véron, É. Comte, M.M. Diédhiou), SIAM J. Control Optim. (2022), vol. 60(3)
Modelling of shallow aquifers in interaction with overland water (with C. Bourel, C. Rosier, M. Tsegmid). Applied Mathematical Modelling (2020), vol. 81, 727–751
Sylvie Clarimont
Géographe
Professeur à l’UPPA
Laboratoire TREE
sylvie.clarimont@univ-pau.fr
Je suis géographe, professeur à l’Université de Pau et des Pays de l’Adour, rattachée à l’UMR 6031 TREE. L’eau m’obsède, depuis très longtemps, puisqu’après une thèse dédiée à la compréhension des conflits suscités par la grande hydraulique, dans le bassin de l’Èbre (Espagne), je n’ai cessé de réinterroger cet objet de recherche transversal sous différents angles : risque d’inondation et mémoire de ce risque dans le bassin de l’Adour, représentations des espaces fluviaux (notamment urbains), usages récréatifs de l’eau dans un contexte de changement climatique, etc.
Gaïa Bonnet, Sylvie Clarimont, 2022, « Perception de la ressource en eau et adaptation au changement climatique en territoires touristiques ruraux : le cas des vallées de la Dronne et de la Vézère », Géocarrefour – Revue de géographie de Lyon, Chercheurs d’eaux au temps des changements globaux. Quelles perspectives pour les territoires ?, [En ligne] : https://journals.openedition.org/geocarrefour/18204
Laurent Cordier
Mécanicien des fluides / Modélisation numérique
Directeur de recherche au CNRS
Laboratoire PPrime
laurent.cordier@univ-poitiers.fr
Mon activité de recherche est centrée sur le contrôle des écoulements et des transferts, domaine qui est à la frontière de la mécanique des fluides, des mathématiques appliquées et de la théorie du contrôle. Je m’intéresse à l’assimilation de données, aux méthodes pilotées par les données (approches « data driven »), ainsi qu’aux techniques d’apprentissage automatique ou Machine Learning.
Cristiana Cravo-Laureau
Écologie et écotoxicologie microbienne des environnements côtiers
Maître de Conférences à l’UPPA
Laboratoire IPREM
cristiana.cravo-laureau@univ-pau.fr
Mes recherches portent sur la diversité, la physiologie et le rôle des microorganismes dans les environnements marins côtiers. Un intérêt particulier est porté à l’impact des activités anthropiques, notamment les pollutions, et des fluctuations environnementales sur les communautés microbiennes dans les environnements naturels, et par des approches d’écologie expérimentale. Je m’intéresse également aux environnements anoxiques et aux interfaces oxie/anoxie, et aux micro-organismes anaérobies, de l’échelle communautaire aux souches pures.
Châtillon E., Duran R., Rigal F., Cagnon C., Cébron A., Cravo-Laureau C. (2023). New insights into microbial community coalescence in the land-sea continuum. Microbiological Research, 267
Duran R., Cravo-Laureau C. (2016) Role of environmental factors and microorganisms in determining the fate of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in the marine environment. FEMS Microbiology reviews 40: 814-830.
Juan Creus
Corrosion et protection des matériaux
Professeur à l’Université de La Rochelle
Laboratoire LASIE
juan.creus@univ-lr.fr
Relation procédés – etats métallurgiques et propriétés d’usage pour les traitements de surface, nous développons des procédés respectueux des normes environnementales avec un rejet limité en phase de synthèse ou en phase d’utilisation
Frank D’Amico
Écologue quantitatif
Maître de Conférences à l’UPPA
Laboratoire LMAP
frank.damico@univ-pau.fr
Écologue généraliste affecté dans l’équipe « probabilités et statistiques » de l’UMR UPPA/CNRS LMAP, j’applique de nouvelles méthodologies avancées pour la conception de suivis à long terme, dans le contexte du changement climatique et de son impact sur les socio-écosystèmes de montagne et la biodiversité. Elles visent à optimiser les programmes de suivi de la biodiversité sur le terrain tout en permettant la modélisation de la réponse thermique d’espèces « sentinelles » de la biodiversité
D’AMICO F., DARBLADE S., AVIGNON S., BLANC-MANEL S. & ORMEROD S.J. (2004). Odonates as indicators of the restoration of shallow lakes by liming: comparing adult and larval responses. Restoration Ecology 12(3): 439-446 https://doi.org/10.1111/j.1061-2971.2004.00319.x
KERMORVANT C., D’AMICO F., BRU N., CAILL-MILLY N. & ROBERTSON B. (2019). Spatially balanced sampling designs for environmental surveys. Environmental Monitoring and Assessment 191:524 / https://doi.org/10.1007/s10661-019-7666-y
D’AMICO F. (coordinateur). Chapitre 14. La Montagne. in : LE TREUT H. (sous la dir. de). Anticiper les changements climatiques en Nouvelle-Aquitaine. Pour agir dans les territoires. Éditions Région Nouvelle-Aquitaine, 2018, 488 p.
Laurent David
Hydrodynamicien, Ecohydraulicien, Physicien des écoulements environnementaux
Professeur à l’Université de Poitiers – CNRS
Laboratoire PPrime
laurent.david@univ-poitiers.fr
Je travaille sur les écoulements à surface libre, notamment l’écohydraulique, l’impact du transport fluvial et les écoulements naturels ainsi que quelques activités pour le traitement de l’eau sur la filtration. Les approches utilisées sont expérimentales et numériques avec également de la modélisation analytique. La partie expérimentale est menée en laboratoire et sur le terrain avec des mesures hydrauliques mais également biologique en collaboration avec l’Office Français de la Biodiversité.
Novel developments towards sustainable hydropower. 2022. Editors P. Rutschmann, E. Kampa, C. Wolter, I. Albayrak, L. David, U. Stoltz and M. Schletterer. 223 pages, Springer Nature. https://doi.org/10.1007/978-3-030-99138-8
Caplier C., Rousseaux G., Calluaud D., David L., 2020 : an experimental study of the effects of finite water depth and lateral confinement on ships wake and drag. Journal of hydrodynamics, 32 (3), 582-590, https://doi.org/10.1007/s42241-019-0054-9
Olivier Douez
Hydrogéologue
Ingénieur de recherche au BRGM
o.douez@brgm.fr
Responsable de l’activité « Eau » au sein du BRGM de Bordeaux après avoir coordonné le programme scientifique « Interactions des masses d’eau » (eaux souterraines/cours d’eau et lacs, eaux souterraines/eaux côtières, eaux souterraines/zones humides) du BRGM et ancien membre du collège d’experts du programme scientifique « Eaux souterraines et changement global » du BRGM.
Pilotage du programme régional BRGM/Région/État sur les eaux souterraines qui est articulé autour des axes suivants : i) Contribuer à la préservation et à la gestion des ressources en eau : recherche et développement de méthodes, d’outils de connaissances et/ou opérationnels ; ii) Partager et valoriser la connaissance sur les eaux souterraines – sensibiliser sur les enjeux et les risques ; iii) Eaux souterraines et milieux superficiels : comprendre pour agir afin de préserver les milieux aquatiques associés ; iv) Concourir à la préservation et à l’amélioration de la qualité des eaux souterraines : vulnérabilité aux pressions diffuses et ponctuelles.
Pilotage du projet de recherche GAIA mené entre 2014 et 2021 qui a visé à mieux comprendre le fonctionnement hydrodynamique des aquifères tertiaires et crétacés du Sud du Bassin aquitain selon une approche multidisciplinaire (géologie, hydrogéologie et hydrochimie) – (https://sigesaqi.brgm.fr/-Projet-de-recherche-GAIA-.html).
Chef de projet sur des programmes de développement d’outils d’aide à la décision (outils de modélisation spatialisée notamment) pour la gestion et la protection des ressources en eau (aide à la détermination des volumes prélevables et d’objectifs en nappe / lien avec les débits des cours d’eau, tests de plan de gestion de la ressource en eau, etc.).
Outre les activités de recherche et développement, autres missions menées en appui au acteurs publiques de l’eau :
– Pilotage du programme de surveillance des nappes d’eau souterraine de la Gironde (qualité et quantité) (2016-2022) ;
– Expertises pour les services de l’État de dossiers en lien avec la loi sur l’eau.
Douez O., Manceau J.-C., Grataloup S., André L., Lasseur E., Wuilleumier A. – Développement d’outils numériques régionaux dédiés à la compréhension du fonctionnement des aquifères profonds du sud du Bassin aquitain et à l’amélioration de la gestion de la ressource en eau. Géologues. N°211- décembre 2021.
Douez O., Du Peuty J.-E., Lepercq D., Montginoul M. – Developing Substitution Resources as Compensation for Reduced Groundwater Entitlements: The Case of the Poitou Marshes (France). In book: Sustainable Groundwater Management – A Comparative Analysis of French and Australian Policies and Implications to Other Countries. Pages 333-353. March 2020.
Douez O., Cabaret O., Saltel M., Abasq L, Wuilleumier A., Pedron N., 2016. Groundwater management of large aquifers in southwestern France by regional hydrodynamic models. 43rd IAH CONGRESS – Groundwater & Society – 60 Years of IAH. September 2016. Montpellier, France.
Alain Dupuy
Hydrogéologue
Professeur à Bordeaux INP
Laboratoire EPOC
alain.dupuy@ensegid.fr
Mes activités de recherches sur les systèmes aquifères captifs profonds, et plus spécifiquement sur l’étude de leur hydrodynamisme au moyen d’approches couplées mêlant les transferts de pression de masse et d’énergie. Depuis plus de 10 ans, je me travaille sur l’hydrogéologie des systèmes aquifères multicouches et leur gestion durable, les problématiques de développement de la géothermie comme levier pour la transition énergétique, ainsi que sur les solutions d’adaptation aux effets du changement climatique en regard de la disponibilité des ressources en eau.
Depuis 2021, je coordonne le Réseau Régional de Recherche (R3) à l’échelle de la Nouvelle-Aquitaine sur le thème de l’Eau dénommé « NAÏADES ».
ASMAEL N., DUPUY A., LEROY B. Artificial Recharge of the Shallow Alluvial Aquifer as an Adaptation Strategy in the Garonne Valley, France. Special Issue: IAHS2022 – Hydrological sciences in the Anthropocene: Variability and change across space, time, extremes, and interfaces. Article accepté (Jan. 2023)
GODINAUD J., KLEPIKOVA M., LARROQUE F., GUIHENEUF N., DUPUY A., BOUR O. 2023. Clogging detection and productive layers identification using Active Distributive Temperature Sensing, Journal of Hydrology. 2023. https://doi.org/10.1016/j.jhydrol.2023.129113
A. DUPUY, A. VINCENT, « Ecological Engineering in a Controversial Potable Water Production Project », In « Estuarine cities in the face of global change. Towards anticipatory governance ». ISTE Ecolgy/Environnement Coll. In press.
Christine Dupuy
Écologie aquatique
Professeur à l’Université de La Rochelle
Laboratoire LIENSS
cdupuy@univ-lr.fr
Les travaux de recherche que je mène ont pour fil conducteur l’écologie aquatique. J’étudie le plancton, les petits organismes du benthos et le couplage entre la colonne d’eau et le benthos. J’ai une approche d’écologie trophique et je travaille sur le lien entre les bas niveaux trophiques (producteurs primaires, protistes hétérotrophes, procaryotes hétérotrophes) et les consommateurs. Ce travail me permet de dégager les fonctions écologiques majeures des écosystèmes. La recherche d’indicateurs de qualité et de bon fonctionnement des écosystèmes en découlent. Voici quelques exemples de travaux que je mène autour de l’eau:
* caractérisation de la nature des eaux et du fonctionnement planctonique associés aux marais et réflexion sur la mise en place d’indicateurs de qualité d’eau des zones humides à la fois en marais doux et en marais salés
* Etude des fonctions épuratrice et nourricerie des marais de Charente-Maritime et l’effet d’une submersion marine sur ces fonctions dans des marais contrastés en terme d’usages et de modalités de gestion
* contribution du compartiment sédimentaire à la capacité épuratrice des eaux de surface, en étudiant la dynamique de la production primaire planctonique et de l’importance du couplage benthos-pelagos dans les différentes typologies de marais (doux, salés)
Moncelon R., Gouazé M., Pineau P.; Beneteau E., Bréret M., Philippine O., Robin F-X, Dupuy C., Metzger E. (2020) Coupling between sediment biogeochemistry and phytoplankton development in a temperate freshwater marsh (Charente-Maritime, France): Evidence of temporal pattern. Water Research 189: 116567
David V., Tortajada S., Philippine O., Bréret M., Barnett A., Agogué H., Robin F.X., Dupuy C. (2020) Ecological succession and resilience of plankton recovering from an acute disturbance in freshwater marshes. Science of the Total Environment 709: 135997
Robert Duran
Microbiologiste de l’environnement
Professeur à l’UPPA
Laboratoire IPREM
robert.duran@univ-pau.fr
J’utilise un large éventail de techniques (de la géochimie à la métatranscriptomique) pour résoudre des problèmes fondamentaux et pratiques: caractérisation de la diversité microbienne taxonomique et fonctionnelle dans les écosystèmes extrêmes et contaminés; comportement des populations de bactéries sulfato-réductrices dans le drainage minier acide et les tapis microbiens en fonction de la fluctuation des paramètres environnementaux; diversité fonctionnelle.
Z. Bourhane, A. Lanzen, C. Cagnon, O. Ben Said, E. Mahmoudi, F. Coulon, E. Atai, A. Borja, C. Cravo-Laureau, R. Duran (2022) Microbial diversity alteration reveals biomarkers of contamination in soil-river-lake continuum. Journal of Hazardous Materials 421, 126789.
Duran R., Cravo-Laureau C. Role of environmental factors and microorganisms in determining the fate of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in the marine environment. FEMS Microbiology reviews 40: 814-830. (2016)
Khouloud El Hanafi
Chimiste Bio-Environnement
Doctorante à l’UPPA
Laboratoire IPREM
hanafi123@hotmail.fr
Je suis Doctorante à l’Institut des Sciences Analytiques et Physico-Chimie de l’Environnement et des Matériaux (IPREM, CNRS – E2S/UPPA). Je suis un chimiste particulièrement intéressée par le les interactions mercure et sélénium et des éléments traces chez les organismes aquatiques. J’utilise des approches de spéciation et l’identification biomoléculaire pour étudier les mécanismes d’interactions in vivo.
El Hanafi, K., Pedrero, Z., Ouerdane, L., Marchán Moreno, C., Queipo-Abad, S., Bueno, M., … & Amouroux, D. (2022). First time identification of selenoneine in seabirds and its potential role in mercury detoxification. Environmental science & technology, 56(5), 3288-3298.
Queipo-Abad, S., Pedrero, Z., Marchán-Moreno, C., El Hanafi, K., Bérail, S., Corns, W. T., … & Amouroux, D. (2022). New insights into the biomineralization of mercury selenide nanoparticles through stable isotope analysis in giant petrel tissues. Journal of Hazardous Materials, 425, 127922.
El Hanafi, K., Gomez-Gomez, B., Pedrero, Z., Bustamante, P., Cherel, Y., Amouroux, D., & Madrid, Y. (2023). Simple and rapid formic acid sample treatment for the isolation of HgSe nanoparticles from animal tissues. Analytica Chimica Acta, 1250, 340952.
Yann Héchard
Microbiologiste
Professeur à l’université de Poitiers
Laboratoire EBI
yann.hechard@univ-poitiers.fr
Page professionnelle
Nos activités de recherche ont pour objet l’étude des amibes (protozoaires phagotrophes) et de leurs interactions avec les bactéries, notamment pathogènes (Legionella, Mycobacterium…) dans l’environnement aquatique.
Frédéric Hoffmann
Géomorphologue-Hydrologue
Maître de Conférences à l’Université Bordeaux-Montaigne
Laboratoire EPOC
frederic.hoffmann@u-bordeaux-montaigne.fr
Page professionnelle
Mes recherches se développent selon deux axes :
– 1er axe : j’étudie la dynamique qualitative des eaux de surface et les transferts de nutriments amont aval dans les basins versants par le biais de méthodes hydrochimiques principalement. L’étude diachronique de ces flux permettent d’en restituer les dynamiques (fonctionnement saisonnier, lessivage). Cela croise également le champ des ressources en eaux et des usages qui en sont faits, à l’heure où d’importants questionnements se font jour.
– 2e axe : depuis près de 30 ans, j’étudie les dynamique des dépôts carbonatés associées aux tufs calcaires en zone karstique. Cette dynamique est appréhendée par l’étude des dépôts passés (Holocène- Pléistocène), mais se focalise surtout sur la dynamique actuelle des dépôts (identification des espèces incrustantes, rythme saisonnier des dépôts, …) en mobilisant également l’hydrochimie comme méthode de terrain. La zone d’étude englobe le grand Sud-Ouest de la France, où ces dépôts se concentrent principalement dans les Causses mineurs, dans le nord et l’est de la plateforme carbonatée aquitaine).
Je suis actuellement en direction de l’UFR des Sciences des Territoires et de la Communication (UFR professionnalisant dans les domaines de la Géographie, de l’Aménagement, de l’urbanisme et de la Communication), mandat débuté depuis près de 3 ans.
Maude Jacquot
Épidémiologiste moléculaire
Chargée de recherche à l’IFREMER
Unité ASIM
maude.jacquot@ifremer.fr
Les maladies infectieuses représentent l’une des causes les plus importantes de morbidité humaine et animale et peuvent avoir des conséquences importantes sur la santé, l’économie et l’environnement. En étudiant la diversité des agents pathogènes responsables de ces maladies, il est possible de mieux comprendre comment ils diffusent et persistent au sein des populations d’hôtes et/ou de vecteurs et ainsi fournir des informations clés aidant à la mise en place de stratégies de prévention et de contrôle.
Je m’intéresse donc en général à l’épidémiologie moléculaire et à l’évolution des agents pathogènes, à la phylogéographie, à la génétique spatiale et du paysage et à l’écologie des maladies infectieuses.
J’étudie les processus évolutifs et épidémiologies qui façonnent la diversité génétique bactérienne et virale. Ceci passe notamment par l’identification et la caractérisation, i) à des échelles fines, des historiques de transmissions et des processus évolutifs comme la recombinaison, le réassortiment, et l’adaptation au sein des hôtes et/ou des vecteurs ou, ii) à des échelles plus larges, des processus de dispersion spatiale ou de variations démographiques.
https://doi.org/10.1093/ve/veac039
https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.711377
Sébastien Jarny
Mécanicien des fluides, rhéologue
Maître de Conférences à l’Université de Poitiers
Laboratoire PPrime
sebastien.jarny@univ-poitiers.fr
Sébastien Jarny est maître de conférences de l’Université de Poitiers au sein de l’Institut Pprime. Ses activités de recherche sont axées sur le transport sédimentaire et plus particulièrement celui des sédiments cohésifs.
Jérôme Labanowski
Biogéochimiste des environnements anthropisés
Chargé de recherche à l’Université de Poitiers/CNRS
Laboratoire IC2MP
jerome.labanowski@univ-poitiers.fr
Page professionnelle
Mes recherches visent à comprendre comment les milieux aquatiques répondent aux pressions/forçages anthropiques et quelles en sont les répercussions possibles pour l’Homme.
o Matviichuk O., Mondamert L., Geffroy C., Gaschet M., Dagot C., Labanowski J.. Life in an unsuspected antibiotics world: River biofilms. Water Research 231, 119611. 10.1016/j.watres.2023.119611
o Bertrand-Krajewski JL., Bournique R., Lecomte V., Pernin N., Wiest L. Bazin C., Bouchez A., Brelot E., Cournoyer B., Chonova T., Dagot C., Di Majo P., Gonzalez-Ospina A., Klein A., Labanowski J., Lévi Y., Perrodin Y., Rabello-Vargas S., Reuilly L., Roch A., Wahl A.. SIPIBEL observatory: Data on usual pollutants (solids, organic matter, nutrients, ions) and micropollutants (pharmaceuticals, surfactants, metals), biological and ecotoxicity indicators in hospital and urban wastewater, in treated effluent and sludge from wastewater treatment plant, and in surface and groundwater. Data in Brief 40, 107726. doi: 10.1016/j.dib.2021.107726
Alexia Legeay
Écotoxicologue
Maître de Conférences à l’Université de Bordeaux
Laboratoire EPOC
alexia.legeay@u-bordeaux.fr
Mes activités de recherche, centrées sur les écosystèmes aquatiques, me permettent de concilier trois disciplines: l’écologie, la physiologie respiratoire des organismes aquatiques et l’écotoxicologie.
Belamy, T., Baudrimont, M., Cordier, MA. et al. Sensitivity of newly transformed juveniles of the freshwater pearl mussel: Margaritifera margaritifera to acute toxicity of a wide range of contaminants. Hydrobiologia (2022). https://doi.org/10.1007/s10750-022-04827-7
Gentès S., Löhrer B., Legeay A., Feurtet-Mazel A., Anschutz P., Charbonnier C., Tessier E., Maury-Brachet R. (2021). Drivers of variability in mercury and methylmercury bioaccumulation and biomagnification in temperate freshwater lakes. Chemosphere 267 March 2021, 128890. doi:10.1016/j.chemosphere.2020.128890
Mathilde Monperrus
Chimiste de l’environnement
Maître de Conférences à l’UPPA
Laboratoire IPREM
mathilde.monperrus@univ-pau.fr
Page professionnelle
Mes recherches portent sur l’étude des contaminants métalliques, organométalliques et organiques dans l’environnement. Mes activités de recherche sont axées sur le développement de méthodes analytiques performantes pour l’analyse de ces substances et de méthodologies expérimentales pour comprendre leur comportement dans les écosystèmes aquatiques. Ces développements reposent notamment sur l’utilisation de traceurs isotopiques pour améliorer les performances analytiques et obtenir des techniques fiables pour différentes matrices environnementales (eau / sédiments / tissus biologiques). Je développe également des expérimentations en laboratoire et in situ pour comprendre la réactivité (échanges et transformations) de ces composés à différentes interfaces dans les écosystèmes aquatiques avec un intérêt particulier pour les interactions biologiques.
Azaroff A, Miossec C, Lanceleur L, Guyoneaud R, Monperrus M (2020) Priority and emerging micropollutants distribution from coastal to continental slope sediments: A case study of Capbreton Submarine Canyon (North Atlantic Ocean). Science of the Total Environment 703: . https://doi.org/10.101/j.scitotenv.2019.135057
Mille T, Soulier L, Caill-Milly N, Cresson P, Morandeau G, Monperrus M (2020) Differential micropollutants bioaccumulation in European hake and their parasites Anisakis sp. Environmental Pollution 265: .
https://doi.org/10.1016/j.envpol.2020.115021
Benjamin Morga
Virologiste marin
Chargé de recherche à l’IFREMER
Unité ASIM
benjamin.morga@ifremer.fr
Mes principales missions au sein de l’unité ASIM (Ifremer La Tremblade) consistent à développer des programmes de recherche visant à explorer les interactions entre l’huître creuse et le virus OsHV-1. Pour cela, j’entreprends des travaux de recherche pour mieux détecter le virus, comprendre son évolution, son cycle de vie, également étudier les mécanismes de réponse de l’huître creuse suite à une infection et enfin, développer des projets innovants afin de trouver des moyens de lutte contre l’infection virale.
Martin Parisot
Scientifique INRAE
Chargé de recherche à l’INRIA
Laboratoire CARDAMOM
martin.parisot@inria.fr
Mes recherches visent à modéliser l’ensemble des processus hydrauliques, de surface et souterrains, à l’échelle d’un bassin versant et côtier et à fournir un outil numérique robuste permettant les interactions entre les différents régimes hydrauliques. Je m’intéresse en particulier aux processus dispersifs pour la propagation des vagues, aux aquifères confinés et au échanges nappe/rivière.
https://inria.hal.science/hal-01242128
https://hal.science/hal-03836565
Jean-François Pépin
Hydrobiologiste marin
Ingénieur de recherche à l’IFREMER
Laboratoire LER-PC
jfpepin@ifremer.fr
Activités de recherche dans les domaines de l’évolution et l’adaptation des communautés microbiennes de la colonne d’eau à la variabilité environnementale des écosystèmes littoraux ; biodiversité et écologie moléculaire à partir de l’ADN environnemental ; pathologies des organismes marins
Pépin, JF. et al. (2020). Does Global Warming Favor the Occurrence of Recent Blue Mussel Mortality Events in France?. In: Ceccaldi, HJ., Hénocque, Y., Komatsu, T., Prouzet, P., Sautour, B., Yoshida, J. (eds) Evolution of Marine Coastal Ecosystems under the Pressure of Global Changes. Springer, Cham.
https://doi.org/10.1007/978-3-030-43484-7_17
Hammel Maurine, Simon Alexis, Arbiol Christine, Villalba Antonio, Burioli Erika Av, Pépin Jean-Francois, Lamy Jean-Baptiste, Benabdelmouna Abdellah, Bernard Ismael, Houssin Maryline, Charrière Guillaume, Destoumieux Garzon Delphine, Welch John J., Metzger Michael J, Bierne Nicolas (2022). Prevalence and polymorphism of a mussel transmissible cancer in Europe . Molecular Ecology , 31(3), 736-751 . Publisher’s official version :
https://doi.org/10.1111/mec.16052
Alexis Pernet
Paysagiste et géographe
Maître de Conférences à l’Ecole Nationale Supérieure de Paysage
Laboratoire LAREP / CEBC
a.pernet@ecole-paysage.fr
Alexis Pernet est maître de conférences à l’École nationale supérieure de paysage et chercheur invité au Centre d’études biologiques de Chizé (équipe Résilience, Zone atelier Plaine & Val de Sèvre). Ses activités de recherche et d’enseignement portent sur l’exploration du grand paysage, une échelle de projet spatial investie pour répondre aux enjeux d’aménagement du territoire, de planification régionale et d’adaptation au changement climatique. Paysagiste formé à l’École nationale supérieure de paysage (1996-2000), docteur en géographie (Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, 2011), il a conçu plusieurs plans de paysage, dont celui portant sur le renouvellement de la trame arborée du Grand site du Marais mouillé (2015-2016), que prolonge la recherche ANR Digues (2019-2023). Il est membre du comité de rédaction des Carnets du paysage.
Alexis Pernet, « Retracer une démarche de médiation paysagère pour mieux l’évaluer : expérimentation dans un secteur à controverses environnementales. Les Ateliers Grand site Marais mouillé poitevin », Développement durable et territoires [En ligne], Vol. 10, n°2 | Juillet 2019, mis en ligne le 15 juillet 2019, consulté le 05 juin 2023. URL : http://journals.openedition.org/developpementdurable/14309 ; DOI : https://doi.org/10.4000/developpementdurable.14309
Alexis Pernet, Au fil du trait, Carnets d’un arpenteur, Marseille, éditions Parenthèses, 2021
Thierry Pigot
Chimiste de l’environnement
Professeur à l’UPPA
Laboratoire IPREM
thierry.pigot@univ-pau.fr
Je m’intéresse aux processus d’oxydation et à la caractérisation des espèces réactives de l’oxygène dans les milieux aquatiques avec un double objectif:
– comprendre les mécanismes de transformations photoinduits des contaminants organiques dans les eaux (eau de surface, milieu littoral) afin de mieux appréhender la capacité de résilience du milieu
– développer des procédés d’oxydation avancés pour traiter les composés biorécalcitrants ou les micro-organismes
Influence of oxygen, UV light and reactive dissolved organic matter on the photodemethylation and photoreduction of monomethylmercury in model freshwater
Elaheh Lotfi-Kalahroodi, Mickael Le Béchec, Emmanuel Tessier, Thierry Pigot, David Amouroux
Chemosphere, 2023, 330, pp.138675. ⟨10.1016/j.chemosphere.2023.138675⟩
Effectiveness of Disinfecting Wastewater Treatment Plant Discharges: Case of chemical disinfection using performic acid, IWA publishing, ISBN13: 9781789062090
Olivier Piller
Mathématicien pour la gestion sobre et durable des réseaux
Directeur de recherche à l’INRAE
Laboratoire ETTIS
olivier.piller@inrae.fr
Mes recherches portent sur l’analyse des réseaux de distribution d’eau (RDE) et plus particulièrement sur la modélisation des réseaux, le calage des modèles, les problèmes de placement optimal de capteurs, le contrôle des fuites, l’optimisation des RDE, la sécurité des réseaux d’eau et des infrastructures critiques.
J’ai participé à plusieurs projets de recherche financés par l’Union européenne : Récemment, j’ai participé au projet de recherche SecurEau sur la sécurité et la décontamination des systèmes de distribution d’eau potable après un événement de contamination délibérée dans le cadre du septième programme-cadre. J’ai également été le coordinateur ANR du projet bilatéral franco-allemand SMaRT-OnlineWDN. L’objectif principal était le développement d’une boîte à outils de gestion de la sécurité en ligne pour les réseaux de distribution d’eau, basée sur des mesures par capteurs de la qualité et de la quantité de l’eau. J’ai également été le coordinateur ANR et le porte-parole du projet franco-allemand ResiWater. L’objectif principal était le développement d’outils de simulation pour préparer les services d’eau à la gestion de crise et renforcer leur résilience au regard de trois études de cas spécifiques : catastrophes naturelles, détérioration de la qualité de l’eau et effets en cascade entre les infrastructures d’eau, d’énergie et informatiques.
J’ai développé les moteurs de calcul dans la solution logicielle Porteau qui est utilisée par 250 services d’eau et consultants. Je suis (co-)auteur de plus de 100 publications dans des revues et conférences à comité de lecture. De plus, je sui relecteur pour des revues de mathématiques appliquées et d’ingénierie civile et environnementale.
Steffelbauer, D. B., Deuerlein, J., Gilbert, D., Abraham, E., and Piller, O. (2022). « Pressure-Leak Duality for Leak Detection and Localization in Water Distribution Systems. » Journal of Water Resources Planning and Management, 148(3), 04021106.
Elhay, S., Piller, O., Deuerlein, J. W., and Simpson, A. R. (2022). « An Interior Point Method Applied to Flow Constraints in a Pressure-Dependent Water Distribution System. » Journal of Water Resources Planning and Management, 148(1), 04021090.
Gérard Pineau
Mécanicien des fluides
Professeur à l’Université de Poitiers
Laboratoire PPrime
gerard.pineau@univ-poitiers.fr
Mes activités de recherche se concentrent actuellement sur l’étude des écoulements à surface libre dans le domaine de l’écohydraulique et de la navigation fluviale.
Ballu A., Calluaud D., Pineau G., David L. 2019. Experimental-based methodology to improve the design of Vertical Slot Fishways. Journal of Hydraulic Engineering. 145(9), 04019031.
Devaux Y., Thomas L., Calluaud D., Pineau G. 2021. Sediment bed destabilization by an isolated vortex: an experimental approach. Journal of Hydrodynamics. Volume 33, Issue 2, p.370-385
Anthony Ranchou-Peyruse
Microbiologiste des environnements profonds
Maître de Conférences à l’UPPA
Laboratoire IPREM
anthony.ranchou-peyruse@univ-pau.fr
Depuis 2009, Anthony Ranchou-Peyruse focalise son activité de recherche sur la compréhension du fonctionnement des communautés microbiennes des environnements profonds continentaux autour d’une fonction particulière d’intérêt (bio-atténuation naturelle, production ou consommation d’hydrogène…) mais également la compréhension du rôle des microorganismes et plus particulièrement la mise en évidence des interactions entre groupes microbiens métaboliques constituant ces communautés. Pour ce faire, il associe des approches culturales en anaérobiose adaptées aux microorganismes de la subsurface profonde avec des approches de biologie moléculaire (séquençage haut-débit, génomique et méta-génomique). Au fil des années, une collection unique de souches microbiennes a pu être rassemblée principalement à partir de réservoirs pétroliers et d’aquifères profonds.
Bien que la microbiologie des environnements profonds trouve son origine dès le début du XXème siècle avec des premières études sur des puits pétroliers, ce n’est qu’à la fin des années 90 que les milieux académiques et industriels ont commencé à pleinement prendre conscience de l’extraordinaire biodiversité microbienne que le sous-sol profond de notre planète pouvait abriter. Dans le même temps, la raréfaction des ressources d’hydrocarbures fossiles (et le réchauffement climatique), la préservation des réserves d’eau, la meilleure compréhension des limites de la vie, la recherche d’énergies nouvelles, le besoin de stockages d’énergie (CH4, H2) et de déchets (CO2, radioactifs) ont fait émerger de nouvelles problématiques et ont fait passer la géomicrobiologie des environnements profonds, du statut de discipline exotique à celui d’une discipline s’intégrant à part entière aux géosciences. Compte-tenu de la complexité de ces écosystèmes à l’échelle microbienne, Anthony Ranchou-Peyruse privilégie les approches pluri-, voire trans-disciplinaires (chimie analytique, physique des fluides, procédés, géologie, imagerie….) via ses collaborations.
Haddad PG, Ranchou-Peyruse M, Guignard M, Mura J, Castéran F, Ronjon-Magand L, Sénéchal P, Isaure MP, Moonen P, Hoareau G, Dequidt D, Chiquet P, Caumette G, Cézac P, Ranchou-Peyruse A. (2022) Geological storage of hydrogen in deep aquifers – an experimental multidiscplinary study. Energy Environ. Sci. 15, 3400-3415.
Ranchou-Peyruse M, Auguet J-C, Mazière C, Restrepo-Ortiz CX, Guignard M, Dequidt D, Chiquet P, Cézac P, Ranchou-Peyruse A. Geological gas-storage shapes deep life. Environmental Microbiology 2019, 21(10), 3953-3964.
Christophe Stavrakakis
Ingénieur Environnement
Ingénieur de recherche à l’FREMER
Unité EMMA
christophe.stavrakakis@ifremer.fr
En tant que responsable de l’unité Expérimentale Mollusque Marins Atlantique (EMMA) à l’Ifremer, j’ai en charge le management de l’unité et le développement de ses activités R&D dans le domaine des techniques d’élevage et procédés de traitement des eaux aquacoles. En effet l’unité propose des moyens expérimentaux pertinents pour l’ensemble des unités de recherche travaillant sur les mollusques marins. Elle rassemble deux plateformes expérimentales existantes au niveau du centre Atlantique de l’Ifremer, sur les stations de Bouin (Vendée) et La Tremblade (Charente-Maritime), ces deux plateformes étant intégrées au sein du Département Ressources Biologiques et Environnement. Leur rôle est de produire et maintenir des mollusques marins d’intérêt scientifique, de les sécuriser et de permettre la réalisation d’expérimentations. mettant en oeuvre les espèces animales et végétales d’intérêt en conchyliculture.
https://archimer.ifremer.fr/doc/00783/89497/
https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105809
Aubin Thibault de Chanvalon
Biogéochimiste
Chargé de recherche à l’UPPA/CNRS
Laboratoire IPREM
aubin.thibault-de-chanvalon@univ-pau.fr
Page professionnelle
J’étudie les processus biogéochimiques mettant en jeu le fer sous ses formes d’oxydes de fer, de sulfure de fer ou de fer dissous, complexé à la matière organique. C’est un élément critiques car nécessaire à la photosynthèse des organismes mais aussi extrêmement réactif dans les eaux appauvris en oxygène. Par exemple, cette forte réactivité lui donne un rôle de catalyseur dans la dégradation naturelle de contaminants organiques .
Jean-Pierre Wigneron
Scientifique INRAE
Directeur de recherche à l’INRAE
Laboratoire ISPA
jean-pierre.wigneron@inrae.fr
Je m’intéresse principalement à l’utilisation de la télédétection passive et active par micro-ondes pour étudier les cycles du carbone et de l’eau à l’échelle nationale/continentale.
https://www.researchgate.net/publication/368359723_Soil_and_vegetation_water_content_identify_the_main_terrestrial_ecosystem_changes
Wigneron, J.-P.*, Li, X., Frappart F., Fan L., Al-Yaari A., De Lannoy G., Liu X., Wang M., Le Masson E., Moisy C., SMOS-IC data record of soil moisture and L-VOD: historical development, applications and perspectives, Remote Sens. Env., 254, 112238, https://doi.org/10.1016/j.rse.2020.112238, 2021.